- Prospero Podiani: dal 1582 al 1615
- Fulvio Mariottelli: 1617
- Lodovico Aureli: dal 1620 al 1634
- Lodovico Alberti: dal 1634 al 1638
- Bonifacio Saccucci: dal 1639 al 1642
- Gaspare Ballottoli: dal 1642 al 1666
- Giulio Cesare Barigiani: dal 1666 al 1708
- Giovanni Angelo Guidarelli: dal 1708 al 1717
- Pietro Paolo Cristiani: dal 1717 al 1737
- Giacinto Grazi: dal 1737 al 1764
- Giovanni Cerboni: dal 1764 al 1786
- Giovanni Angelo Cocchi: dal 1787 al 1803
- Luigi Canali: dal 1803 al 1835
- Carmelo Pascucci (incaricato): dal 1835 al 1843
- Cesare Massari: dal 1843 al 1857
- Adamo Rossi: dal 1858 al 1886
- Francesco Guardabassi (incaricato): dal 1886 al 1887
- Alessandro Bellucci: dal 1887 al 1891
- Vincenzo Ansidei: dal 1891 al 1922
- Francesco Briganti: dal 1922 al 1935
- Giovanni Cecchini: dal 1935 al 1959
- Olga Marinelli Marcacci: dal 1960 al 1974
- Mario Roncetti: dal 1974 al 1994 (fino al 1978 facente funzione, poi responsabile della Ripartizione Biblioteche e musei del Comune di Perugia)
- Maria Pecugi Fop: dal 1994 a febbraio 2000
- Claudia Parmeggiani: dal 2001 a dicembre 2007
- Maurizio Tarantino: dal 2008
Fonte: Mario Roncetti, Profili di bibliotecari perugini: con appendice bibliografica, «Annali della Facoltà di lettere e filosofia, Università degli studi di Perugia», 11 (1973-1974), p. 181-370.
Integrazioni di Andrea Capaccioni.