- Giovanni Gualberto De Soria: dal 1742 al 1767
- Giovanni Del Turco: dal 1768 al 1780
- Cesare Malanima: dal 1780 al 1819
- Giuseppe Piazzini: dal 1820 al 1832
- Giuseppe Branchi: dal 1832 al 1835
- Ippolito Rosellini: dal 1835 al 1843
- Gaetano Savi: nel 1843
- Francesco Bonaini: dal 1843 al 1848
- Michele Ferrucci: dal 1848 al 1881
- Ferdinando Ranalli: dal 1881 al 1883
- Emilio Teza: dal 1884 al 1885
- Felice Tribolati: dal 1885 al 1898
- Ugo Morini: dal 1898 al 1911
- Guido Manacorda: dal 1911 al 1913
- Adolfo Avetta: dal 1913 al 1915
- Gaetano Burgada: dal 1918 al 1921
- Ulisse Ortensi: dal 1921 al 1935
- Cesarina Pacchi: dal 1935 al 1956
- Elena Amico Moneti: dal 1956 al 1969
- Maria Jole Minicucci: dal 1970 al 1973
- Lilia Paradisi D'Elia: dal 1973 al 1991
- Francesco Prinzi: dal 1991 al 1994
- Emilio Michelucci (reggente): dal 1994 al 1997
- Marco Paoli: dal 1997 al 2002
- Alessandra Pesante: dal 2002
Fonte: Direttori della Biblioteca universitaria, in: Biblioteca universitaria di Pisa: guida ai servizi e alla conoscenza dei fondi, a cura di Lidia Amato Sargentini, Lucca: Pacini Fazzi, 2001, p. 60, con emendamenti e aggiunte.